奈曼旗审计局是奈曼旗人民政府工作部门，为正科级单位，核定行政编制17名，科级领导职数1正3副，内设机构10个，分别为：办公室、法制审理股、财税金融审计股、行政事业审计股、农业与资源环境审计股、社会保障审计股、经济责任审计办公室、政府投资审计股、电子数据审计股、企业审计股。二级单位1个，审计事务服务中心，事业编制17名。工勤编制2名。奈曼旗委审计委员会办公室设在旗审计局。
主要职责如下：
(一)贯彻执行国家有关审计工作的方针政策、法律法规，以及区、市、旗人民政府制定的有关规定，并监督实施。
(二)向旗人民政府报告和向旗有关部门通报审计情况，提出制定和完善有关政策法规的建议。
(三)依据《中华人民共和国审计法》的规定，直接进行审计:
1、旗财政预算执行情况和其他财政收支;
2、乡镇人民政府预算执行情况和决算;
3、与旗财政直接发生预算缴款、拨款关系的旗级各部门(含立法机关、司法机关、行政机关、政党组织和社会团体，下同)和直属事业单位的财政、财务收支。
4、旗直各部门和乡镇人民政府预算外财政资金的收支及其使用情况。
5、根据上级审计机关授权，对国有金融机构的资产、负债、损益和国际组织、外国政府援助、贷款项目的财务收支，进行审计监督。
6、旗人民政府管理的和受政府委托由社会团体管理的社会保障基金、环境保护资金、社会捐赠资金及其他有关基金、资金的财务收支;
7、旗属国有企业，旗政府管理的经济实体和旗直各部门管理的财务独立经济实体的盈亏真实性和国有资产的保值增值情况。
8、其他法律法规规定应由审计局承担的审计事项。
(四)向旗人民政府和市审计局提交旗预算执行情况的审计结果报告;受旗人民政府委托向旗人大常委会提出旗预算执行情况和其他财政收支审计工作报告。
(五)组织实施对贯彻执行国家、自治区、通辽市和旗财经方针政策和宏观调控措施情况的行业审计、专项审计和审计调查;组织对全旗县级以下党政领导干部和国有及国有控股企业领导人员进行任期经济责任审计。
(六)根据有关法律和国务院、自治区人民政府、市人民政府和旗人民政府规定，组织对国有、国有控股企业和财政投资建设项目的审计监督。
(七)组织实施对内部审计指导与监督;监督社会审计组织的审计业务质量。
(八)承办旗人民政府和上级审计部门交办的其他事项。