奈曼旗人民检察院设下列机构：
一、第一检察部
整合原公诉科、侦查监督科、未成年人办案组组成。
主要职责：负责刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉、复议、刑事申诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。办理未成年人犯罪和侵害未成年人犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。开展未成年人司法保护和预防未成年人犯罪工作。
二、第二检察部
整合原民事行政检察科、公益诉讼检察部门、基层检察室组成。
主要职责：负责民事、行政、公益诉讼检察等工作（含涉及生态环境保护和资源保护、食品药品安全等公益诉讼保护领域的刑事检察工作），办理向奈曼旗人民检察院申请监督和提请抗诉的民事案件及行政案件的审查、抗诉。承办对民事、行政诉讼活动的法律监督，对民事、行政执行活动实行法律监督。负责办理法律规定由奈曼旗人民检察院办理的生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域的行政公益诉讼案件及刑事附带民事公益诉讼案件。负责对奈曼旗人民法院开庭审理的公益诉讼案件，派员出席法庭，依照有关规定提出检察建议。办理奈曼旗人民检察院管辖的公益诉讼申诉案件。负责基层检察室建设及相关工作。
三、第三检察部
整合原刑事执行检察、控告申诉检察、案件管理、法律政策研究、检察委员会和人民监督员办公室、技术科组成。
主要职责：负责刑事执行检察、控告申诉检察、案件管理、法律政策研究、检察技术等工作。对看守所、社区矫正机构等执法活动进行监督，开展羁押必要性审查、财产刑执行监督等工作。受理向奈曼旗人民检察院的控告和申诉，承办奈曼旗人民检察院管辖的国家赔偿案件和国家司法救助案件。负责案件的统一受理流转、办案流程监控、涉案财物的监管、法律文书监管、案件信息公开，履行对案件的管理监督职能。统一组织办案质量评查、业务考评和业务统计分析研判。负责组织开展检察理论研究工作，承担检察委员会及人民监督员办公室日常工作。负责机关通信、计算机网络、智能会议、信息安全、信息化应用等建设、管理、维护。
四、办公室
整合原办公室、机关事务服务中心、车队、新媒体中心组成。
主要职责：负责机关文电、会务、机要、档案、保密、计划财务装备等工作。协助院领导处理检察政务，组织协调院重要工作部署、重大决策的贯彻实施。起草审核相关文件文稿，管理秘书事务，处理检察信息。负责人大代表联络工作。负责领导同志批办事项督查工作。负责协调管理新闻宣传工作。负责国有资产、物资装备管理和计划财务装备工作。负责翻译工作。
五、政治部
整合原政治处、纪检监察室、机关党委组成。
主要职责：负责思想政治工作和干部人事工作。负责机关党建和群团工作，负责领导班子建设、干部队伍建设与组织建设的组织实施、制度建设；负责政治建设、宣传思想、意识形态、检察文化和典型选树宣传工作；组织干部教育培训工作、离退休干部工作。负责检务督察工作。配合开展纪检监察工作。
六、司法警察大队
司法警察大队为下设机构。
主要职责：负责法律文书送达、办案场所警戒、人员押解和看管等警务事项以及机关办公警务保障工作。
奈曼旗人民检察院设下列机构：
一、第一检察部
整合原公诉科、侦查监督科、未成年人办案组组成。
主要职责：负责刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉、复议、刑事申诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。办理未成年人犯罪和侵害未成年人犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。开展未成年人司法保护和预防未成年人犯罪工作。
二、第二检察部
整合原民事行政检察科、公益诉讼检察部门、基层检察室组成。
主要职责：负责民事、行政、公益诉讼检察等工作（含涉及生态环境保护和资源保护、食品药品安全等公益诉讼保护领域的刑事检察工作），办理向奈曼旗人民检察院申请监督和提请抗诉的民事案件及行政案件的审查、抗诉。承办对民事、行政诉讼活动的法律监督，对民事、行政执行活动实行法律监督。负责办理法律规定由奈曼旗人民检察院办理的生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域的行政公益诉讼案件及刑事附带民事公益诉讼案件。负责对奈曼旗人民法院开庭审理的公益诉讼案件，派员出席法庭，依照有关规定提出检察建议。办理奈曼旗人民检察院管辖的公益诉讼申诉案件。负责基层检察室建设及相关工作。
三、第三检察部
整合原刑事执行检察、控告申诉检察、案件管理、法律政策研究、检察委员会和人民监督员办公室、技术科组成。
主要职责：负责刑事执行检察、控告申诉检察、案件管理、法律政策研究、检察技术等工作。对看守所、社区矫正机构等执法活动进行监督，开展羁押必要性审查、财产刑执行监督等工作。受理向奈曼旗人民检察院的控告和申诉，承办奈曼旗人民检察院管辖的国家赔偿案件和国家司法救助案件。负责案件的统一受理流转、办案流程监控、涉案财物的监管、法律文书监管、案件信息公开，履行对案件的管理监督职能。统一组织办案质量评查、业务考评和业务统计分析研判。负责组织开展检察理论研究工作，承担检察委员会及人民监督员办公室日常工作。负责机关通信、计算机网络、智能会议、信息安全、信息化应用等建设、管理、维护。
四、办公室
整合原办公室、机关事务服务中心、车队、新媒体中心组成。
主要职责：负责机关文电、会务、机要、档案、保密、计划财务装备等工作。协助院领导处理检察政务，组织协调院重要工作部署、重大决策的贯彻实施。起草审核相关文件文稿，管理秘书事务，处理检察信息。负责人大代表联络工作。负责领导同志批办事项督查工作。负责协调管理新闻宣传工作。负责国有资产、物资装备管理和计划财务装备工作。负责翻译工作。
五、政治部
整合原政治处、纪检监察室、机关党委组成。
主要职责：负责思想政治工作和干部人事工作。负责机关党建和群团工作，负责领导班子建设、干部队伍建设与组织建设的组织实施、制度建设；负责政治建设、宣传思想、意识形态、检察文化和典型选树宣传工作；组织干部教育培训工作、离退休干部工作。负责检务督察工作。配合开展纪检监察工作。
六、司法警察大队
司法警察大队为下设机构。
主要职责：负责法律文书送达、办案场所警戒、人员押解和看管等警务事项以及机关办公警务保障工作。