全民健康保障疾控信息系统是全民健康保障信息化工程的重要组成部分，是《“十二五”国家政务信息化工程建设规划》明确的重点任务之一。该项目通过将现有的二十余个业务应用系统整合为6个系统，实现从以疾病管理为核心向个人全生命周期动态监测管理的转变,将从根本上解决系统间无法联通,数据无法整合的问题。

奈曼旗疾控中心充分对全旗27家医疗机构名称、级别等各类信息变化进行核实，并在保证现有系统数据不丢失、不缺少的情况下，积极组织协调各医疗机构进行新系统的安装、注册、登录、上报工作。目前已经注册下级账户50个，各医疗机构已基本实现了新系统的安装。

目前，此项工作正在积极的推进当中，预计将于2020年1月1日前完成，届时发病死亡报告、传染病监测、慢病非传染性疾病监测、精神卫生监测、免疫规划、健康危害因素监测、疾病预防控制综合管理系统将统一合并到《全民健康保障疾控信息系统》中，将极大的优化疾病防控相关数据的整合和应用。